Dia um!

Afinal o servidor já estava na loja. Fui busca-lo ontem ao final do dia.

Hoje quando o liguei lembrei-me das palavras sábias do Bruno, quando me disse que uma coisa daquelas quando arranca parace que vai levantar voo. Vi a minha vida a andar para trás; se aquilo fizesse sempre o mesmo barulho que faz a arrancar, a esta altura já estava surdo. Vai ser bonito quando tiver todos aqueles processadores a funcionar. Acho melhor migrar para longe desta sala, eheheh!

A instalação do OS não é tão linear como numa workstation. A primeira tentativa saiu falhada, uma vez que durante a instalação os discos foram reconhecidos isoladamente e não como um array. Uma vista de olhos mais atenta ao software da board deu para verificar que o melhor é mesmo começar o processo de instalação a partir desse mesmo software. Apenas um senão: tive que instalar Centos 4.4, e não o 5.2 como pretendia, uma vez que o software que tenho apenas permite essa opção. Versões mais recentes do software da Intel já permitem a instalação do Centos 5.2 (RedHat Enterprise), mas acho que mais fácil assim: não me apetece estar com actualizações ao software do board. Porquê? Porque se faço alguma coisa de errado posso estragar muita coisa (acho eu…). Quando não tenho a certeza acho melhor ficar quietinho. Há sempre aquela máxima que diz qualquer coisa como: em caso de dúvida, dá-lhe gás… Mas parece-me que o iluminado que a proferiu pela primeira vez não se estaria a referir a computador e firmware…

A formatação dos discos está a demorar uma eternidade. Se calhar é normal: quase 1TB de disco deve demorar o seu tempo a formatar, até porque os processadores não são a coisa mais rápida deste mundo (2.50 GHz).

Dia zero!

Ainda estou à espera do servidor. Só com um computador é difícil instalar um cluster.

Para ajudar não posso trabalhar, pelo menos já. Preciso de uma ligação ssh com um servidor externo à UM, onde estive a trabalhar nos últimos dias. Como já se tinha antevisto, o proxy da UMinho não permite esta ligação, pelo menos com a porta especificada. Só posso trabalhar a partir de casa. Assim é mais difícil.

Vou-me entreter a fazer algum tratamento de resultados, à espera de dias melhores. 3 semanas depois da encomenda seria de esperar que o servidor já tivesse chegado.

Para os químicos que têm a necessidade de utilizar vários programas de edição/visualização de moléculas existe uma ferramenta fundamental: Open Babel.
Fazendo referência à definição que aparece do site oficial, “Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It’s an open, collaborative project allowing anyone to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas.”
Ou seja, Open Babel é um programa que permite a tradução de vários tipos de ficheiros, utilizados em diferentes programas, sendo assim possível, por exemplo, criar um ficheiro com o Chemtool e posteriormente visualizar o molécula criada no Ghemical (para uma referência a estes programas ver artigo anterior).
O Open Babel pode funcionar de duas maneira distintas: como stand alone, funcionando de forma independente, ou como plugin de alguns programas. Existem algumas diferenças em cada um destes modos de funcionamento. Como stand alone só tem a capacidade para gravar ficheiros do Chemtool (cht), não sendo possível transformar ficheiros cht noutros formatos. No entanto utilizando o Open Babel enquanto plugin do Chemtool é possível transformar aqueles ficheiros em qualquer um dos formatos suportados pelo Open Babel.
Como stand alone em Linux ainda não descobri nenhum GUI para o Open Babel, ou seja, está disponível apenas na linha de comandos. De qualquer maneira a sua utilização é tão simples que não há necessidade de nenhuma interface gráfica. Na linha de comandos, se estiver na directoria que contém o ficheiro que pretende transformar basta apenas escrever alguma coisa deste género:

babel -igpr exemplo.gpr -opdb exemplo.pdb

Este comando irá transformar o ficheiro exemplo.gpr (ficheiro de Ghemical) no ficheiro exemplo.pdb (ficheiro do tipo Protein Data Bank). Para mais informações sobre as opções disponíveis podem ser encontradas digitando

man babel

O programa Open Babel está disponível nos repositórios do Ubuntu através do pacote openbabel.

Ghemical é um software desenvolvido para a química computacional que utiliza o MOPAC7 para a minimização da energia de moléculas em 3D. O único software que eu conhecia que tinha estas funções era o ChemOffice da Cambridgesoft; trata-se do Santo Graal da química orgânica em termos de software, mas é caro, é software proprietário e não corre em Linux.
Se o que se pretende é apenas desenhar estruturas em 2D, então o Ghemical não é apropriado, até porque não o faz. Para isso existem alguns bons programas. Eu utilizo o Chemtool, mas existem outros, como por exemplo BKChem, EasyChem, GChemPaint ou o XDrawChem.
O Ghemical é mais do que isso. Uma vez que pode funcionar em conjunto com o OpenBabel, este programa consegue lidar com a maioria dos ficheiros utilizados na química. É assim muito fácil, por exemplo, desenhar uma estrutura em 2D com o Chemtool, que também trabalha com OpenBabel, e depois optimizar a geometria em 3D utilizando o Ghemical.
Quando se pretende utilizar este programa temos que ter em conta que se trata de um programa para química computacional e não “apenas” um programa para visualização de moléculas. Assim o Ghemical apresenta algumas limitações quando se pretende obter uma boa imagem 3D de uma determinada molécula para utilizar, por exemplo, naquele relatório que estamos a escrever. Mas isso é bastante fácil de resolver. Basta apenas exportar o resultado do trabalho do Ghemical em formato pdb (Protein Data Bank format) e depois utilizar uma infinidade de programas existentes para visualização deste tipo de ficheiros. O Pymol, por exemplo, permite visualizar ficheiros .pdb e guarda-los como imagem (png).

Todos os programas aqui mencionados (com a excepção do ChemOffice) são Open Source e podem ser instalados directamente a partir dos repositórios Ubuntu.

Acho que valeu a pena todo o esforço. Ainda não o testei a sério, nem tenho conhecimentos para tal, mas esta versão do GIMP está mais refinada. Parece-me que estão a caminhar no sentido de por o GIMP a trabalhar com HDR’s (isto se não o fizer já). Como primeira análise gostei das novas funções de ajuste das cores, possíveis por causa da inclusão do GEGL. Acho que vou ficar com esta versão e mandar a 2.4 às ortigas.

Mas quem me manda a mim querer instalar software que não está disponível nos repositórios do Ubuntu. Já não estou habituado a isto, mas quero mesmo ver as novidades anunciadas para o GIMP 2.5.

Das duas uma: ou estou a ficar sem RAM para estas aventuras (512MB, 470MB efectivos) ou então a actualização de 7.10 para 8.04 correu menos bem. Já na altura em que saiu o 7.10 optei por fazer a actualização e a coisa correu menos bem. O sistema ficou porreiro com uma instalação “from scratch” do 7.10. Acho que vou ter que experimentar o mesmo com este Hardy Heron e logo digo como correu.