Open Babel

Para os químicos que têm a necessidade de utilizar vários programas de edição/visualização de moléculas existe uma ferramenta fundamental: Open Babel.
Fazendo referência à definição que aparece do site oficial, “Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It’s an open, collaborative project allowing anyone to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas.”
Ou seja, Open Babel é um programa que permite a tradução de vários tipos de ficheiros, utilizados em diferentes programas, sendo assim possível, por exemplo, criar um ficheiro com o Chemtool e posteriormente visualizar o molécula criada no Ghemical (para uma referência a estes programas ver artigo anterior).
O Open Babel pode funcionar de duas maneira distintas: como stand alone, funcionando de forma independente, ou como plugin de alguns programas. Existem algumas diferenças em cada um destes modos de funcionamento. Como stand alone só tem a capacidade para gravar ficheiros do Chemtool (cht), não sendo possível transformar ficheiros cht noutros formatos. No entanto utilizando o Open Babel enquanto plugin do Chemtool é possível transformar aqueles ficheiros em qualquer um dos formatos suportados pelo Open Babel.
Como stand alone em Linux ainda não descobri nenhum GUI para o Open Babel, ou seja, está disponível apenas na linha de comandos. De qualquer maneira a sua utilização é tão simples que não há necessidade de nenhuma interface gráfica. Na linha de comandos, se estiver na directoria que contém o ficheiro que pretende transformar basta apenas escrever alguma coisa deste género:

babel -igpr exemplo.gpr -opdb exemplo.pdb

Este comando irá transformar o ficheiro exemplo.gpr (ficheiro de Ghemical) no ficheiro exemplo.pdb (ficheiro do tipo Protein Data Bank). Para mais informações sobre as opções disponíveis podem ser encontradas digitando

man babel

O programa Open Babel está disponível nos repositórios do Ubuntu através do pacote openbabel.