Ghemical

Ghemical é um software desenvolvido para a química computacional que utiliza o MOPAC7 para a minimização da energia de moléculas em 3D. O único software que eu conhecia que tinha estas funções era o ChemOffice da Cambridgesoft; trata-se do Santo Graal da química orgânica em termos de software, mas é caro, é software proprietário e não corre em Linux.
Se o que se pretende é apenas desenhar estruturas em 2D, então o Ghemical não é apropriado, até porque não o faz. Para isso existem alguns bons programas. Eu utilizo o Chemtool, mas existem outros, como por exemplo BKChem, EasyChem, GChemPaint ou o XDrawChem.
O Ghemical é mais do que isso. Uma vez que pode funcionar em conjunto com o OpenBabel, este programa consegue lidar com a maioria dos ficheiros utilizados na química. É assim muito fácil, por exemplo, desenhar uma estrutura em 2D com o Chemtool, que também trabalha com OpenBabel, e depois optimizar a geometria em 3D utilizando o Ghemical.
Quando se pretende utilizar este programa temos que ter em conta que se trata de um programa para química computacional e não “apenas” um programa para visualização de moléculas. Assim o Ghemical apresenta algumas limitações quando se pretende obter uma boa imagem 3D de uma determinada molécula para utilizar, por exemplo, naquele relatório que estamos a escrever. Mas isso é bastante fácil de resolver. Basta apenas exportar o resultado do trabalho do Ghemical em formato pdb (Protein Data Bank format) e depois utilizar uma infinidade de programas existentes para visualização deste tipo de ficheiros. O Pymol, por exemplo, permite visualizar ficheiros .pdb e guarda-los como imagem (png).

Todos os programas aqui mencionados (com a excepção do ChemOffice) são Open Source e podem ser instalados directamente a partir dos repositórios Ubuntu.