Instalação do cluster e do gromacs II

Dia um!

Afinal o servidor já estava na loja. Fui busca-lo ontem ao final do dia.

Hoje quando o liguei lembrei-me das palavras sábias do Bruno, quando me disse que uma coisa daquelas quando arranca parace que vai levantar voo. Vi a minha vida a andar para trás; se aquilo fizesse sempre o mesmo barulho que faz a arrancar, a esta altura já estava surdo. Vai ser bonito quando tiver todos aqueles processadores a funcionar. Acho melhor migrar para longe desta sala, eheheh!

A instalação do OS não é tão linear como numa workstation. A primeira tentativa saiu falhada, uma vez que durante a instalação os discos foram reconhecidos isoladamente e não como um array. Uma vista de olhos mais atenta ao software da board deu para verificar que o melhor é mesmo começar o processo de instalação a partir desse mesmo software. Apenas um senão: tive que instalar Centos 4.4, e não o 5.2 como pretendia, uma vez que o software que tenho apenas permite essa opção. Versões mais recentes do software da Intel já permitem a instalação do Centos 5.2 (RedHat Enterprise), mas acho que mais fácil assim: não me apetece estar com actualizações ao software do board. Porquê? Porque se faço alguma coisa de errado posso estragar muita coisa (acho eu…). Quando não tenho a certeza acho melhor ficar quietinho. Há sempre aquela máxima que diz qualquer coisa como: em caso de dúvida, dá-lhe gás… Mas parece-me que o iluminado que a proferiu pela primeira vez não se estaria a referir a computador e firmware…

A formatação dos discos está a demorar uma eternidade. Se calhar é normal: quase 1TB de disco deve demorar o seu tempo a formatar, até porque os processadores não são a coisa mais rápida deste mundo (2.50 GHz).

Instalação do cluster e do gromacs I

Dia zero!

Ainda estou à espera do servidor. Só com um computador é difícil instalar um cluster.

Para ajudar não posso trabalhar, pelo menos já. Preciso de uma ligação ssh com um servidor externo à UM, onde estive a trabalhar nos últimos dias. Como já se tinha antevisto, o proxy da UMinho não permite esta ligação, pelo menos com a porta especificada. Só posso trabalhar a partir de casa. Assim é mais difícil.

Vou-me entreter a fazer algum tratamento de resultados, à espera de dias melhores. 3 semanas depois da encomenda seria de esperar que o servidor já tivesse chegado.

Open Babel

Para os químicos que têm a necessidade de utilizar vários programas de edição/visualização de moléculas existe uma ferramenta fundamental: Open Babel.

Ghemical

Ghemical é um software desenvolvido para a química computacional que utiliza o MOPAC7 para a minimização da energia de moléculas em 3D. O único software que eu conhecia que tinha estas funções era o ChemOffice da Cambridgesoft; trata-se do Santo Graal da química orgânica em termos de software, mas é caro, é software proprietário e não corre em Linux.

GIMP 2.5

Acho que valeu a pena todo o esforço. Ainda não o testei a sério, nem tenho conhecimentos para tal, mas esta versão do GIMP está mais refinada. Parece-me que estão a caminhar no sentido de por o GIMP a trabalhar com HDR’s (isto se não o fizer já). Como primeira análise gostei das novas funções de ajuste das cores, possíveis por causa da inclusão do GEGL. Acho que vou ficar com esta versão e mandar a 2.4 às ortigas.

GIMP 2.5.0

Mas quem me manda a mim querer instalar software que não está disponível nos repositórios do Ubuntu. Já não estou habituado a isto, mas quero mesmo ver as novidades anunciadas para o GIMP 2.5.

UBUNTU 8.04

Das duas uma: ou estou a ficar sem RAM para estas aventuras (512MB, 470MB efectivos) ou então a actualização de 7.10 para 8.04 correu menos bem. Já na altura em que saiu o 7.10 optei por fazer a actualização e a coisa correu menos bem. O sistema ficou porreiro com uma instalação “from scratch” do 7.10. Acho que vou ter que experimentar o mesmo com este Hardy Heron e logo digo como correu.